根據“關于開展2008年公司質量、環境與職業健康安全三體系內審的通知”(黃設質監[2008]11號）的安排，公司于2008年9月8日至9月26日開展了公司質量、環境與職業健康安全三體系內審工作。此次內審，在公司領導和相關單位、部門的大力支持和配合下，通過全體內審員認真細致的審核，達到了預期目的。
為了做好審核前準備工作，9月5日下午在審核組長
路新景的主持下，公司召開了三體系內審準備會議。會上，路總強調審核員在審核工作中一定要“抓關鍵，思重點，注重有效性”，質監部李倩對此次三體系內審分工、計劃安排、對審核員的要求、對審核小組的要求、對開不符合報告的要求、審核重點關注的內容、編制檢查表等進行了強調和安排。劉金勇副主任就審核注意的問題進行了補充。
審核組按照審核計劃的安排，從9月8～15日，分別到河口村水利樞紐勘測設代現場、石柱溝水庫總承包現場、重慶銀盤水電站施工監理現場進行了審核。
9月16日上午召開了內審首次會議，審核組長路新景在會上介紹了本次審核的目的、范圍、準則和方法，確認了審核的日程安排及末次會議的時間、地點和參會人員。會上，公司副總經理、管理者代表許人指出，本次內審是三體系首次內審，是年底通過三體系認證的需要。相關單位、部門要積極配合審核組的工作，要求審核員認真對待，加強學習。首次會議后，審核員就最高管理者、管理者代表、總工、工會主席及其他公司領導在三體系的建立、環安方針、目標指標制定、管理職責、人力資源、管理評審、持續改進等幾方面與公司領導層進行了溝通座談。9月16日至22日，審核組先后審核了人力部、地質院、信息中心、財審部、市場部、地勘院、工程院、辦公室、監理公司、環境院、質監部、物探院、規劃院、服務中心、測繪院、生態院、工會辦、科研院、交通院、總工辦、監法部和建筑院。
9月26日下午召開了末次會議。會上，審核組長報告了此次審核情況和審核結論，宣讀了不符合報告并提出不符合項采取糾正措施期限要求。此次審核共涉及22單位（部門）、4個現場，抽查了30個項目（次），調查詢問了168人（次），編制檢查表及檢查記錄217頁。各項審核工作全部按計劃完成，范圍覆蓋了公司質量、環境與職業健康安全三體系所涉及的全部范圍和活動，審核員通過現場交談、觀察、查閱有關文件和記錄、抽查項目等方式，取得了評價公司質量、環境與職業健康安全三體系運行的客觀證據，驗證了三體系的實施效果。針對發現的問題，審核組在末次會議前向公司領導作了匯報，并就三體系工作管理方面做得相對有特色的市場部、地質院、工程院、地勘院、信息中心5個單位給予了肯定和表揚，公司副總經理、管理者代表許人對內審員認真細致、嚴謹的工作態度提出了表揚。
公司董事長李文學在末次會議上指出，環境與職業健康安全管理體系的建立，各相關單位、部門，特別是質監部做了大量的工作。從審核結論上看，公司三體系文件符合標準要求，比較適宜公司的實際情況，體系運行有效。為了年底順利通過三體系的認證審核，他強調了以下三點：第一，要加強學習，提高認識。三體系中質量管理體系已經運行十多年，比較成熟，環安管理體系是新建立的體系，還需加強學習和宣貫。公司的環安方針“綠色設計、以人為本、誠信守法、持續改進”包含了公司的社會責任和自身發展要求，“綠色設計、以人為本”是代表了企業的價值取向，在生產過程中，不能污染環境、不能傷害員工和社會。要求我們要從對員工和社會負責的角度去思考問題。只有堅持“誠信守法”，才能生產出合格產品，防范風險，降低成本。環安管理體系的建立，是國內外市場發展的需要，也是公司自身加強管理的需要，順應了當今世界的發展潮流。第二，環安管理體系文件是第一版，需要有一個探索與實際結合的過程，要“識別重要因素，抓關鍵環節”進行控制，結合公司實際，使管理體系運行更加適宜有效。第三，他要求有關單位、部門要針對存在問題，認真分析原因，制定糾正和預防措施，舉一反三，抓緊整改，防止類似問題再發生，爭取年底一次性通過三體系認證審核。
